首先，让我告诉您，这是我第一次尝试用Java编写一些代码，因此，如果我的问题对此感到有点傻，我会感到遗憾。
在Windows中，我使用Eclipse作为IDE，并且单击Eclipse的运行按钮，我的项目就可以编译并正常运行。但是，当我尝试通过命令提示符编译并运行程序时，出现了很多错误。这些主要是：
error: package Jama does not exist
import Jama.SingularValueDecomposition;
error: cannot find symbol
Sequence seq1=new Sequence(pdbFileName1);
error: cannot find symbol
ParsePDB parser=new ParsePDB();
error: cannot find symbol
DynamicTable dt= new DynamicTable();
除了第一个，我都得到了所有这些，但是为了清楚起见，我只复制了一次。
现在，我想显示我的项目目录，
Workspace
Project1
.settings
bin
src
Jama // this is another folder which I've found on the web and used it in my project
com
src
assg1 // these 4 files are under com.src.assg1 package name
assg1.java // this one includes my main function
DynamicTable.java
ParsePDB.java
Sequence.java
.classpath
.project
现在，首先输入cd workspace/Project1/src/com/src/assg1，然后输入javac assg1.java，结果出现了上面提到的错误。现在有谁知道我的问题吗？
您需要从源根目录编译源。.java文件的相对路径应与其完全限定名称相同：
cd workspace/Project1/src/
javac com/src/assg1/assg1.java
要运行它（从同一目录）：
java com.src.assg1.assg1
如果要模拟eclipse在做什么，请为源类和生成类创建单独的目录：
cd workspace/Project1/
javac -sourcepath src -d bin src/com/src/assg1/assg1.java
java -cp bin com.src.assg1.assg1
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