我有一个包含两个字符串的列表（包含一个序列和一些空格）。我需要成对浏览两个字符串，比较每个字符并计算两个都不等于空格的位置
我有这个，但是对于我的需求来说太慢了。有没有办法加快速度？
from itertools import izip
def overlap(sequence_pair):
return sum(nucleotide1 != ' ' and nucleotide2 != ' ' for nucleotide1, nucleotide2 in izip(*sequence_pair))
if __name__ == '__main__':
sequence_pair = [' AT GT ',
' GTAGCG ']
print overlap(sequence_pair)
在Pure Python中很难优化代码，但是如果从一开始就使用NumPy数组而不是Python列表/字符串，则可以大大提高速度：
>>> import numpy as np
>>> sequence_pair = [' AT GT '*10000, ' GTAGCG '*10000]
>>> sequence_pair_arr = np.array([list(' AT GT '*10000), list(' GTAGCG '*10000)])
>>> %timeit overlap(sequence_pair)
100 loops, best of 3: 14 ms per loop
>>> %timeit np.all(sequence_pair_arr != ' ', axis=0).sum()
100 loops, best of 3: 2.2 ms per loop
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