4个蜂箱配有传感器,可收集蜂箱内的温度,湿度,压力和分贝。这些是响应变量。
处理为wifi暴露,实验组从第1天到第20天,然后从第35-45天再次暴露于wifi,并收集数据直到第54天。n个蜂巢= 4,n个传感器收集的数据每个蜂巢=〜百万。
我在运行混合效果模型时遇到困难。
所有荨麻疹的响应变量都有一个数据框。
names(Hives)
[1] "time" "dht22_t" "dht11_t" "dht22_h"
[5] "dht11_h" "db" "pa" "treatment_hive"
[9] "wifi"
时间以“%Y-%m-%d%H:%M:%S”表示,dht11 / 22_t / h是温度和湿度数据。“ wifi”是与暴露时间相对应的二分变量(1 =开0 =关),而处理单元是暴露于wifi的蜂巢的另一二分变量(1 =暴露,0 =对照)。
这是我遇到的错误。
attach(Hives)
model2 = lme(pa_t~wifi*treatment_hive, random=time, na.action=na.omit, method="REML",)
Error in reStruct(random, REML = REML, data = NULL) :
Object must be a list or a formula
这是代码示例:
time dht22_t dht11_t dht22_h dht11_h db pa treatment_hive wifi
1 01/09/2014 15:19 NA NA NA NA 51.75467 NA 0 1
2 01/09/2014 15:19 30.8 31 59.8 44 55.27682 100672 0 1
3 01/09/2014 15:19 30.8 31 60.3 44 54.81995 100675 0 1
4 01/09/2014 15:19 30.8 31 60.9 44 54.14134 100671 0 1
5 01/09/2014 15:19 30.8 31 61.1 44 53.88574 100672 0 1
6 01/09/2014 15:19 30.8 31 61.2 44 53.68800 100680 0 1
R版本2.15.1(2012-06-22)平台:i486-pc-linux-gnu(32位)
附加软件包:[1] ggplot2_0.8.9 proto_0.3-9.2 reshape_0.8.4 plyr_1.7.1 nlme_3.1- 104
[6] lme4_0.999999-0 Matrix_1.0-6点阵_0.20-6
这里有各种各样的问题,其中一些与编程有关(StackOverflow),但统计上的问题(适合CrossValidated或[email protected]
)可能更为重要。
tl; dr如果您只是想避免该错误,我认为您需要random=~1|hive
(无论您的配置单元变量是什么)都适合一个模型,该模型的基线响应(拦截)在蜂巢中有所不同,但我建议您继续阅读...
attach(Hives)
,请data=Hives
在lme()
通话中使用(不一定是问题,而是[更好的做法])formula=...~...+time, random=~time|hive
(其中...
代表现有模型的位)?strptime
或lubridate
包装),从开始时间开始的秒/分钟/小时之类的时间可能最明智。(您的时间分辨率是多少?每个配置单元中是否有多个传感器,在这种情况下,您还应考虑随机安装传感器的效果?)lme4
包装mgcv::gamm
或gamm4
包装);(2)时间自相关(考虑correlation
在lme
模型中添加参数)。本文收集自互联网,转载请注明来源。
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