numpy.dot速度很慢，但已经安装了blas和lapack，该如何解决？

alisianoi 发表于 Dev

alis属

我正在上ArchLinux，我的Python版本是2.7.8两者BLAS并LAPACK安装：

% pacman -Qs blas; pacman -Qs lapack
local/blas 3.5.0-1
    Basic Linear Algebra Subprograms
local/lapack 3.5.0-1
    Linear Algebra PACKage

Numpy已安装完毕，sudo pip2 install numpy并确认同时看到了BLAS和LAPACK：

>>> numpy.show_config()
blas_info:
    libraries = ['blas']
    library_dirs = ['/usr/lib64']
    language = f77
lapack_info:
    libraries = ['lapack']
    library_dirs = ['/usr/lib64']
    language = f77
atlas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
blas_opt_info:
    libraries = ['blas']
    library_dirs = ['/usr/lib64']
    language = f77
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 1)]
atlas_blas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
openblas_info:
  NOT AVAILABLE
lapack_opt_info:
    libraries = ['lapack', 'blas']
    library_dirs = ['/usr/lib64']
    language = f77
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 1)]
openblas_lapack_info:
  NOT AVAILABLE
atlas_info:
  NOT AVAILABLE
lapack_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
atlas_blas_info:
  NOT AVAILABLE
mkl_info:
  NOT AVAILABLE

然而，np.dot当我知道在一台类似的机器上，它的运行速度不到10秒时，我的运行速度测试已经超过了30秒。如何解决速度问题？在安装numpy和BLASand LAPACKsupport时我错过了什么吗？

alis属

好了，这是整个故事。首先，初始设置很慢，因为它不是BLAS一个快速实现的参考实现。从今天开始，我重复一遍，blasArchLinux Extra存储库中的软件包是参考实现。有关详细信息，请参见此处的Presentation部分。

其次，有的优化版本BLAS（实际上有很多：ATLAS，OpenBlas，Goto BLAS，MKL等）。它们安装起来非常棘手。我最终安装了OpenBlas，这是在ArchLinux上进行此操作的逐步概述：

从AUR安装openblas-lapack 软件包
python2-numpy-openblas 从AUR安装软件包据我了解，它与普通python2-numpy软件包的区别在于site.cfg配置文件，该配置文件指示numpy要搜索openblas在步骤1中安装的库。

这些动作为我解决了问题，现在速度要好得多-我在问题中提到的测试不到1秒。另外numpy显示它已经用openblas编译：

>>> np.show_config()
lapack_opt_info:
    libraries = ['openblas', 'openblas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
blas_opt_info:
    libraries = ['openblas', 'openblas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
openblas_info:
    libraries = ['openblas', 'openblas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
openblas_lapack_info:
    libraries = ['openblas', 'openblas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE

我认为，建立的过程openblas为导向numpy的python3长相非常相似。

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编辑于2021-02-16

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