R从Shell安装软件包

B.Mr.W. 发表于 Dev

先生

我正在尝试使用R实现Hadoop Streaming的reducer。但是，我需要找出一种方法来访问某些非R，dplyr..etc内置的库。根据我的研究似乎有两种方法：

（1）在reducer代码中，将所需的库安装到一个临时文件夹中，并在会话完成后将其处置，如下所示：

.libPaths(c(.libPaths(), temp <- tempdir()))
install.packages("dplyr", lib=temp, repos='http://cran.us.r-project.org')
library(dplyr)
...

但是，根据要安装的库数量，此方法将产生巨大的开销。因此，大部分时间都浪费在安装库上（像dplyr这样的复杂库有大量的依赖关系，在香草R会话上安装需要几分钟的时间）。

因此，听起来我需要事先安装它，这使我们进入了方法2。

（2）我的集群很大。而且我必须使用Ansible之类的工具才能使其正常工作。因此，我更喜欢使用一个Linux Shell命令来安装该库。我以前见过R CMD INSTALL...，但是，感觉就像只会从源文件安装软件包，而不是install.packages()在R控制台中进行安装，找出镜像，拉出源文件，并在一个命令中安装它。

谁能告诉我如何在Shell中使用一个命令行以非交互方式安装R软件包？（对这么多的背景知识感到抱歉，如果有人认为我什至没有遵循正确的方法，请随时在评论中留意应如何管理整个集群R程序包。）

德克·埃德比布特尔

您可能会发现利特勒有用。它是R的命令行前端/变体（使用R嵌入接口）。

我用的是install.r脚本所有的时间，从外壳安装包。还有另一个变种，它具有更多的命令行参数解析功能，但它具有附加的依赖性。