如何使用Ruby将多个CSV文件合并为一个大CSV文件？

Michael 发表于 Dev

麦可

我一直在使用SmarterCSV将床格式文件转换为csv文件并更改列名。

现在，我收集了几个CSV文件，并希望将它们合并为一个大CSV文件。

在test3.csv，有三列，chromosome，start_site和end_site将要使用，其他三列，binding_site_pattern，score和strand将被删除。

通过增加三个新列到test3.csv文件，数据都在同一transcription_factor列：Cmyc在cell_type列：PWM在project_name列：JASPAR。

有人对此有任何想法吗？

test1.csv

transcription_factor,cell_type,chromosome,start_site,end_site,project_name
Cmyc,GM12878,11,809296,809827,ENCODE  
Cmyc,GM12878,11,6704236,6704683,ENCODE

test2.csv

transcription_factor,cell_type,chromosome,start_site,end_site,project_name  
Cmyc,H1ESC,19,9710417,9710587,ENCODE  
Cmyc,H1ESC,11,541754,542137,ENCODE

test3.csv

chromosome,start_site,end_site,binding_site_pattern,score,strand  
chr1,21942,21953,AAGCACGTGGT,1752,+    
chr1,21943,21954,AACCACGTGCT,1335,-

所需的合并结果：

transcription_factor,cell_type,chromosome,start_site,end_site,project_name
Cmyc,GM12878,11,809296,809827,ENCODE  
Cmyc,GM12878,11,6704236,6704683,ENCODE  
Cmyc,H1ESC,19,9710417,9710587,ENCODE    
Cmyc,H1ESC,11,541754,542137,ENCODE   
Cmyc,PWM,1,21942,21953,JASPAR  
Cmyc,PWM,1,21943,21954,JASPAR

雅各布·布朗

hs = %w{ transcription_factor cell_type chromosome start_site end_site project_name }

CSV.open('result.csv','w') do |csv|
  csv << hs
  CSV.foreach('test1.csv', headers: true) {|row| csv << row.values_at(*hs) }
  CSV.foreach('test2.csv', headers: true) {|row| csv << row.values_at(*hs) }
  CSV.foreach('test3.csv', headers: true) do |row|
    csv << ['Cmyc', 'PWM', row['chromosome'].match(/\d+/).to_s] + row.values_at('start_site', 'end_site') + ['JASPAR']
  end
end

本文收集自互联网，转载请注明来源。

如有侵权，请联系[email protected] 删除。