ggplot堆叠的条形图,具有x值,无y / fill值

克里斯·罗伯斯

我正在尝试以X轴为时间,Y轴为数量,填充色为某些特征的方式绘制堆积的条形图。

我的数据看起来像这样:

    > base
  Number                                         Mut Time Percent
1   117                                    22:A->G     2   81.81
2    13                                    24:G->A     2    9.09
3    10 22:A->G 24:G->A 108:G->A 158:G->A 162:G->A     2    6.99
4     1                            22:A->G 24:G->A     2    0.69
5    32                                    24:G->A     3   94.11
6     1                           24:G->A 162:G->T     3    2.94
7     1                            24:G->A 82:G->T     3    2.94

当我使用以下代码在ggplot中执行堆叠条形图时:

ggplot(base,aes(x = Time, fill = Mut, y = Percent)) +  geom_bar(stat='identity') + theme(legend.key.size = unit(.5, "cm")) + ylab("Number")

我得到一个图,看起来像这样:

http://imgur.com/32XCkTm,yfCAJsx#0

我的问题是我希望时间= 1和时间= 4为零。

类似于以下内容:

http://imgur.com/32XCkTm,yfCAJsx#1

有办法吗?现在,我只是在时间1和4中向数据添加了0个值,并将填充特征(Mut)添加为已显示在数据中的一个:

> base
  Reads                                         Mut Time Percent
1     0                                    22:A->G     1    0.00
2   117                                    22:A->G     2   81.81
3    13                                    24:G->A     2    9.09
4    10 22:A->G 24:G->A 108:G->A 158:G->A 162:G->A     2    6.99
5     1                            22:A->G 24:G->A     2    0.69
6    32                                    24:G->A     3   94.11
7     1                           24:G->A 162:G->T     3    2.94
8     1                            24:G->A 82:G->T     3    2.94
9     0                                    22:A->G     4    0.00

我的问题是我不想一直搜索数据中已经存在的特征(Mut)。有没有一种方法可以让ggplot自动将time = 1和time = 4的x值放到没有条形图的情况下,而不必向数据中添加值?我一直在搜索数小时,找不到任何答案。

谢谢。

大卫·阿伦堡

+ scale_x_discrete(limits = 1:4)

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