在Windows上的R中执行PSQL

dotcomken 发表于 Dev

点缀

我一直在尝试从RStudio中的R中的system（）执行PSQL。我在PATH中设置了PSQL，可以从cmd行执行PSQL。我一生无法从Windows的R中找出执行psql的正确方法。我有从ubuntu环境提供的代码。在此之前，我以前没有使用过system（），并且针对此特定问题进行的研究尚未成功。

在R中执行system之后，最困难的部分是不接收任何输出。我尝试了一些不同于？system的设置。没有运气。

此代码应执行一个简单的sql语句，并将输出传递到本地文件。最终，在应用程序中包含动态元素将更加健壮。使基础工作似乎是最困难的部分。

system(paste("export PGPASSWORD=db_password;psql -h db_host -d db_name -c 'copy(select * from large_table limit 1000) to stdout csv' > C:/temp_data/db_test.dat", sep=""))

我对是否有人在R中使用PSQL可以正常工作的Windows环境感到好奇。我的greenplum服务器不在本地。

我的回声％PATH％包括系统变量和用户变量中包含的C：\ Program Files（x86）\ pgAdmin III \ 1.12。

Nograpes

您的命令有一些问题。

system 不能与重定向一起使用，必须使用 shell
在Windows中，不能使用单引号将命令引起来，而必须使用双引号。
要连接命令，请使用&运算符，而不是;Unix中的like。

因此您的命令看起来像（将其包含在一行中似乎很有必要）：

cmd<-'set PGPASSWORD=db_password& psql -h db_host -d db_name -c "copy(select * from large_table limit 1000) TO STDOUT CSV;" > C:/temp_data/db_test.dat'
shell(cmd)

但是，您是否考虑过使用RPostgresql驱动程序，这是一种更简单，与平台无关的方式来执行任务？

# Load up the driver
library(RPGsql)
drv <- dbDriver("PostgreSQL")
# Create a connection
con <- dbConnect(drv, dbname="db_name", host='db_host',password='db_password',user='db_user')
# Query the database
db_test=dbGetQuery(con, 'select * from large_table limit 1000')
# Write your file
write.csv(db_test,'C:/temp_data/db_test.dat')

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