我想从在线数据库下载一些文件,但是不允许我一次下载所有文件。相反,它提供了下载搜索关键字的文件。因为我有超过20000个关键字,所以对我来说这是不可行的。例如,我想从SarBase下载有关miRNA-mRNA相互作用的全部信息,但是它没有提供一次全部下载它们的选项。我想知道如何编写一些脚本来下载它。有谁能够帮助我?
创建一个名为getdb.sh的文件。
#!/bin/bash
echo "Download keywords in kw.txt."
for kw in $(cat kw.txt)
do
curl http://www.mirbase.org/cgi-bin/get_seq.pl?acc=$kw > $kw.txt
done
创建另一个名为kw.txt的文件:
MI0000342
MI0000343
MI0000344
然后运行这个
$ chmod +x getdb.sh
$ ./getdb.sh
Download keywords in kw.txt.
$ ls -1 *.txt
kw.txt
MI0000342.txt
MI0000343.txt
MI0000344.txt
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