ggplot2 barplot中条的顺序和颜色

我使用创建的堆积条形图有一个非常烦人的问题ggplot2。之前也有几个类似的问题，但是在完成示例代码后，我无法弄清楚自己在做什么错。

我想制作图形，以便基于以下各条按以下顺序堆叠这些条Biogeographic.affinity：（从上到下= Bassian，Widepread，Torresian和Eyrean）。条形图的颜色应该是：（低音=浅灰色，宽=浅灰色，托雷斯=白色，爱尔安=黑色）。

这是数据集的样子：

  biogeo
       Site Biogeographic.affinity Rank Number.of.species Total.Species    Percent
    1     A                Bassian    1                 1           121  0.8264463
    2     A                 Eyrean    4                39           121 32.2314050
    3     A              Torresian    3                62           121 51.2396694
    4     A             Widespread    2                19           121 15.7024793
    5    DD                Bassian    1                 1           128  0.7812500
    6    DD                 Eyrean    4                46           128 35.9375000
    7    DD              Torresian    3                63           128 49.2187500
    8    DD             Widespread    2                18           128 14.0625000
    9   E_W                Bassian    1                 1           136  0.7352941
    10  E_W                 Eyrean    4                54           136 39.7058824
    11  E_W              Torresian    3                65           136 47.7941176
    12  E_W             Widespread    2                16           136 11.7647059
    13   KS                Bassian    1                 2           145  1.3793103
    14   KS                 Eyrean    4                63           145 43.4482759
    15   KS              Torresian    3                62           145 42.7586207
    16   KS             Widespread    2                18           145 12.4137931
    17 Z_Ka                Bassian    1                 1           110  0.9090909
    18 Z_Ka                 Eyrean    4                64           110 58.1818182
    19 Z_Ka              Torresian    3                31           110 28.1818182
    20 Z_Ka             Widespread    2                14           110 12.7272727

这是我到目前为止编写的代码（包括我为纠正问题而进行的一些失败尝试）。

 ggplot(data=biogeo, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
  scale_fill_grey() + ylab("Percent") + xlab("Location") +       
  theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

这给出了基本图形，但是颜色和顺序仍然错误。为了更正我尝试的顺序，但这并没有改变任何内容（已删除）！：

newone <- transform(biogeo, Biogeographic.affinity  = factor(Biogeographic.affinity ), Rank = factor(Rank, levels = 1:4))

至于变色，我已经尝试过并且似乎可以使用，但是看起来顺序仍然是错误的！

cols<- c("Bassian"="darkgrey","Widespread"="lightgrey", "Torresian"="white", "Eyrean"="black") #designates the colors of the bars 
ggplot(data=newone, aes(x=Site, y=Percent, fill=Biogeographic.affinity)) + geom_bar(stat="identity", colour="black")+ 
  scale_fill_manual(values = cols) + ylab("Percent") + xlab("Location") +       
  theme_bw()+ theme(panel.grid.minor = element_blank()) 

请帮忙。