创建嵌套字典以遍历我的文本文件和文件夹以创建多个关键字典

debugcn 发表于 Dev

阿里·哈基姆扎德

我在 50 个文件夹中有 counts.txt 文件，每个文件夹都与一个样本相关。counts.txt 中有两列：第一列是字符串，另一列是数字。我尝试通过它们制作嵌套字典。目标是将counts.txt和文件夹的第一列用作字典的键，将counts.txt中的第二列用作值。不幸的是，文件夹列表，我想在它们上循环以给我正确的形状，但它不起作用并面临问题！

import os
from natsort import natsorted
path1 = "/home/ali/Desktop/SAMPLES/"


data_ali={}
samples_name=natsorted(os.listdir(path1))


data_ali = {}

samples_name=natsorted(os.listdir(path1))
for i in samples_name:    
    with open(path1+i[0:]+"/counts.txt","rt") as fin:    
        for l in fin.readlines():    
            l=l.strip().split()    
            if l[0][:4]=='ENSG':    
                gene=l[0]    
                data_ali[gene]={}       
                reads=int(l[1])    
                data_ali[gene][samples_name]=reads
print(data_ali)




i expect the output like this: 
'ENSG00000120659': {
    'Sample_1-Leish_011_v2': 14,
    'Sample_2-leish_011_v3': 7,
    'Sample_3-leish_012_v2': 6,
    'Sample_4-leish_012_v3': 1,
    'Sample_5-leish_015_v2': 9,
    'Sample_6-leish_015_v3': 3,
    'Sample_7-leish_016_v2': 4,
    'Sample_8-leish_016_v3': 8,
    'Sample_9-leish_017_v2': 8,
    'Sample_10-leish_017_v3': 2,
    'Sample_11-leish_018_v2': 4,
    'Sample_12-leish_018_v3': 4,
    'Sample_13-leish_019_v2': 7,
    'Sample_14-leish_019_v3': 4,
    'Sample_15-leish_021_v2': 12,
    'Sample_16-leish_021_v3': 5,
    'Sample_17-leish_022_v2': 4,
    'Sample_18-leish_022_v3': 2,
    'Sample_19-leish_023_v2': 9,
    'Sample_20-leish_023_v3': 6,
    'Sample_21-leish_024_v2': 22,
    'Sample_22-leish_024_v3': 10,
    'Sample_23-leish026_v2': 9,
    'Sample_24-leish026_v3': 5,
    'Sample_25-leish027_v2': 4,
    'Sample_26-leish027_v3': 1,
    'Sample_27-leish028_v2': 7,
    'Sample_28-leish028_v3': 5,
    'Sample_29-leish032_v2': 8,
    'Sample_30-leish032_v3': 2
     }

亚历克斯·霍尔

试试这个：

        if l[0][:4] == 'ENSG':
            gene = l[0]
            reads = int(l[1])
            data_ali.setdefault(gene, {})[i] = reads

两个重要的变化：

您的代码data_ali[gene]={}总是清除以前存在的内容并创建一个新的空字典。setdefault仅当键gene不存在时才创建字典。
第二个键应该是i，而不是列表samples_name。

完整的代码清理：

import os
from natsort import natsorted

root = "/home/ali/Desktop/SAMPLES/"

data_ali = {}

for sample_name in natsorted(os.listdir(root)):
    with open(os.path.join(root, sample_name, "counts.txt"), "r") as fin:
        for line in fin.readlines():
            gene, reads = line.split()
            reads = int(reads)
            if gene.startswith('ENSG'):
                data_ali.setdefault(gene, {})[sample_name] = reads

print(data_ali)

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