从 Python 中的 .txt 文件读取数据的特定部分

斯瓦拉吉
>gene1
ATGATGATGGCG
>gene2
GGCATATC
CGGATACC
>gene3
TAGCTAGCCCGC

这是我试图阅读的文本文件。我想读取不同字符串中的每个基因,然后将其添加到列表中有以“>”字符开头的标题行,以识别这是基因的开头还是结尾

with open('sequences1.txt') as input_data:
    for line in input_data:
            while line != ">":
                list.append(line)
    print(list)

打印时,列表应显示列表应为

list =["ATGATGATGGCG","GGCATATCCGGATACC","TAGCTAGCCCGC"]
buran
with open('sequences1.txt') as input_data:
    sequences = []
    gene = []
    for line in input_data:
        if line.startswith('>gene'):
            if gene:
                sequences.append(''.join(gene))
                gene = []
        else:
            gene.append(line.strip())
sequences.append(''.join(gene)) # append last gene
print(sequences)

输出:

['ATGATGATGGCG', 'GGCATATCCGGATACC', 'TAGCTAGCCCGC']

本文收集自互联网,转载请注明来源。

如有侵权,请联系[email protected] 删除。

编辑于
0

我来说两句

0条评论
登录后参与评论

相关文章

来自分类Dev

在python中读取.txt文件

来自分类Dev

在python中读取txt文件

来自分类Dev

Python从txt文件中读取

来自分类Dev

如何从python中的txt文件中读取特定列?

来自分类Dev

如何从python中的.txt文件读取特定行?

来自分类Dev

Python 3 从txt文件中读取数据集

来自分类Dev

在python中从txt文件中读取值

来自分类Dev

Python读取txt文件中的行并写入新的txt文件

来自分类Dev

在python中从.csv或.txt读取数据

来自分类Dev

在Python中逐行读取.txt文件

来自分类Dev

在python中读取表格txt文件

来自分类Dev

无法在 iGraph python 中读取 .txt 文件

来自分类Dev

从HTML .txt文件中读取各个部分

来自分类Dev

如何从python中的.txt文件读取数据框中的大文本文件

来自分类Dev

在Python中打开'.txt'文件

来自分类Dev

txt文件中的Python Wordcloud

来自分类Dev

python 在txt文件中换行

来自分类Dev

读取.txt文件中的特定单词

来自分类Dev

从txt文件java中读取特定行

来自分类Dev

从VHDL中的* .txt文件读取特定行

来自分类Dev

从 .txt 文件中读取特定行

来自分类Dev

在python中返回,从.txt文件中读取值

来自分类Dev

如何使用python访问txt文件中字符串的特定部分?

来自分类Dev

Python-读取txt文件中列出的.htm文件

来自分类Dev

Python txt文件-读取和使用文件中的信息

来自分类Dev

无法正确读取txt文件中的数据

来自分类Dev

在Python中的txt文件中获取特定单词的计数?

来自分类Dev

Python在txt文件中读取\ n和\ r

来自分类Dev

从 .txt 文件中读取每第 N 行(Python)