我正在使用带有 ipynb(Python 3.6.7)的 google colaboratory,每次我运行脚本并导入一个模块Scanpy python 工具包时,它都会说我没有它,所以我必须再次安装它,这需要几分钟。
这里有一个类似的问题:
每次运行整个笔记本时,如何防止“pip install ...”运行?
那里的答案并不令人满意,因为每次我运行脚本时都会安装 scanpy,这需要几分钟,这是不希望的。
我安装scanpy的方式是:
!pip3 install scanpy[louvain]
如果我再次运行脚本并尝试通过执行以下操作导入 scanpy:
import scanpy as sc
我收到以下错误消息:
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ModuleNotFoundError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-6-c75a4ac677d6> in <module>()
1 import numpy as np
2 import pandas as pd
----> 1 import scanpy as sc
4
5 sc.settings.verbosity = 3 # verbosity: errors(0), warnings(1), info(2), hints(3)
ModuleNotFoundError: No module named 'scanpy'
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NOTE: If your import is failing due to a missing package, you can
manually install dependencies using either !pip or !apt.
To view examples of installing some common dependencies, click the
"Open Examples" button below.
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所以我必须再次安装它,这很耗时,不应该发生,因为其他已经安装的包(例如 pandas、numpy 等)没有显示这个问题。
我的问题是:
如何永久安装scanpy?
我应该可以随时导入 scanpy,而无需再次安装它,一次又一次......
根据这个3 Essential Google Colaboratory Tips & Tricks的第二点:
目前,Google Colaboratory 中的软件安装不是持久的,因为您每次(重新)连接到实例时都必须重新安装库。由于 Colab 默认安装了许多有用的通用库,因此这比看起来要小得多,安装那些未预安装的库可以通过几种不同的方式之一轻松添加。
这似乎是我每次 scanpy 都必须重新安装的原因,因为它不是 Colaboratory 的默认包。
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