如何解决awk脚本中的问题？

debugcn 发表于 Dev

法特玛A.

我有以下使用bcftools获得的数据集；

$ bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf

CHROM POS REF ALT AN AC 

6 85406127 T A 6 2
6 85406180 T G 6 5
6 85406187 T G 6 1
-
-
-
6 85434019 T A 0 0
6 85434075 A C 0 0

所需的输出是通过以下命令获得的：

bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf | awk '$5 !=0' | awk '{printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5}'

6:85406127 T:A 0.333333
6:85406139 T:C 0.000000
6:85406180 T:G 0.833333

在数据集中，它在第5列和第6列中包含零。所以0除以0会导致致命的后果：尝试除以零。这就是为什么我要在输出的第三栏中看到NA。

6:85406127 T:A 0.333333
6:85406139 T:C NA
6:85406180 T:G 0.833333

我尝试获取输出的结果如下所示：

bcftools query -f '%CHROM %POS %REF %ALT %AN %AC \n' fname.vcf | awk '{ if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
'{printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5}'
else
'{printf "%s:%s %s:%s %b\n", $1, $2, $3, $4, 'NA'}'
}'

但是我收到了以下结果：

awk: cmd. line:1: { if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
awk: cmd. line:1:      ^ syntax error
awk: cmd. line:1: { if [[ $5!= 0 && $6!=0 ]]
awk: cmd. line:1:                         ^ syntax error
awk: cmd. line:2: {printf
awk: cmd. line:2:        ^ unexpected newline or end of string

如何解决此问题？

欢迎任何贡献！

铁素体

你快到了使用以下awk：

awk '{ if ($5!= 0 && $6!= 0) {printf "%s:%s %s:%s %f\n", $1, $2, $3, $4,$6/$5} else {printf "%s:%s %s:%s NA\n", $1, $2, $3, $4} }'

“ NA”字符串是printf字符串本身的一部分。还有，你不要放在{ *statemet* }里面'

另外，请勿在AWK内部混用bash计算（[[ ]]）。

您可以在此处快速检查AWK语法

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