我有如下三列的文本文件。
6:85406127 T:A 0.44
6:85406139 T:C 0.00
6:85406165 C:G 0.33
我想在第三列的扩展名之前添加文件名。
我想要的输出将是这样的：
CHR:POS REF:ALT Filename
6:85406127 T:A 0.44
6:85406139 T:C 0.0
6:85406165 C:G 0.33
然后我使用了以下命令：
for i in *.txt; do awk 'BEGIN{print "CHR:POS REF:ALT "${i%.*}"" {print}' $i ; done
但是收到了这个错误信息
awk: cmd. line:1: BEGIN{print "CHR:POS REF:ALT "${i%.*}"" {print}
awk: cmd. line:1: ^ syntax error
解决方案：
for i in *.txt ; do awk -v fname="${i%.*}" 'NR == 1 { print "CHR:POS"," ","REF:ALT"," ",fname,"\n" }
NR >=1 { print }' $i > "${i%.*}_header.txt" ; done
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