获取列值大于或等于特定值的所有行

debugcn 发表于 Dev

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我必须从制表符分隔的文件的第6列中提取大于或等于0.01的值（我的文件包含6列以上）。我尝试了以下代码

for i in $(find ./ `pwd` -name "BC_4_*_*shift.txt" ); do
    awk -F"\t" 'NR==1 || $6>=0.01' $i > $i"_"ctdna_freq.txt;
done

编写这段代码，我得到了帮助，所有行的列值都大于阈值，使用此代码，我可以从第6列中提取大于0.01的值，但无法提取等于以下是我的输入文件0.01

chr     pos         ref var p.val       freq.var
chr19   9074573     A   C   6.73E-22    0.586593469
chr19   9091288     G   T   5.96E-188   0.508732726
chr8    124518636   C   T   9.55E-21    0.00005
chr12   56490398    G   T   0.005271732 0.010003218
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr3    52677261    C   T   5.13E-06    0.01
chr5    67591010    A   G   4.82E-23    0.01

预期产量

chr     pos         ref var p.val       freq.var
chr19   9074573     A   C   6.73E-22    0.586593469
chr19   9091288     G   T   5.96E-188   0.508732726
chr12   56490398    G   T   0.005271732 0.010003218
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr3    52677261    C   T   5.13E-06    0.01
chr5    67591010    A   G   4.82E-23    0.01

埃德·莫顿

#!/usr/bin/env bash
while IFS= read -r i; do
    awk -F'\t' 'NR==1 || $6>=0.01' "$i" > "${i}_ctdna_freq.txt"
done < <(find . -name 'BC_4_*_*shift.txt')

或者：

#!/usr/bin/env bash
find . -name 'BC_4_*_*shift.txt' |
xargs -n 1 -I {} awk -F'\t' 'NR==1 || $6>=0.01' "{}" > "{}_ctdna_freq.txt"

不要这样做for i in ...，请参阅https://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/001，并且请务必始终引用您的变量，请参阅https://mywiki.wooledge.org/Quotes。通过http://shellcheck.net运行所有的Shell脚本，直到您熟悉基础知识为止。