R:计算Pearson相关性,并按组进行R平方

JSH

我正在尝试扩展问题R的答案:过滤数据并计算相关性

为了获得一年中每个月(1 =一月)的温度和湿度的相关性,我们必须对每个月(12次)进行相同的操作。

cor(airquality[airquality$Month == 1, c("Temp", "Humidity")])

每个月有什么办法可以自动执行吗?

就我而言,我有30多个组(不是几个月,而是一个物种),我想测试它们之间的相关性,我只是想知道是否有比逐个进行的方法更快的方法。

谢谢!

李哲源
cor(airquality[airquality$Month == 1, c("Temp", "Humidity")])

给您一个2 * 2协方差矩阵,而不是一个数字。我敢打赌,每个人都想要一个数字Month,所以请使用

## cor(Temp, Humidity | Month)
with(airquality, mapply(cor, split(Temp, Month), split(Humidity, Month)) )

您将获得一个向量。

阅读?split?mapply; 尽管它们不是唯一的选择,但它们对于“按组”操作非常有用。还请阅读?cor,并比较两者之间的区别

a <- rnorm(10)
b <- rnorm(10)
cor(a, b)
cor(cbind(a, b))

您在问题中链接的答案与相似cor(cbind(a, b))


可重现的例子

airqualityR中数据集没有Humidity列,因此我将Wind用于测试:

## cor(Temp, Wind | Month)
x <- with(airquality, mapply(cor, split(Temp, Month), split(Wind, Month)) )

#         5          6          7          8          9 
#-0.3732760 -0.1210353 -0.3052355 -0.5076146 -0.5704701 

我们得到一个命名向量,其中names(x)给出Month,并unname(x)给出相关性。


非常感谢你!它工作得非常完美!我也试图找出如何R^2针对每个相关性使用来获得向量,但是我不能...有什么想法吗?

cor(x, y) 就像拟合标准线性回归模型一样:

coef(lm(scale(y) ~ scale(x) - 1))  ## remember to drop intercept

在这种简单的线性回归中,R平方只是斜率的平方。以前我们x按组存储相关性,现在R平方为x ^ 2

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