如何用文件的一列中的一列替换复杂的字符串?

拟南芥

我有一个文件(1kG_MDS5.bim)像这样:

1   rs58108140  0   10583   A   G
1   1:11508[b37]A,G 0   11508   A   G
1   1:15820[b37]G,T 0   15820   T   G
1   1:16257[b37]C,G 0   16257   C   G
1   1:16378[b37]C,T 0   16378   T   C

我想删除第二列中所有出现的[b37],并用列替换逗号,以便FINAL结果如下所示:

1   rs58108140  0   10583   A   G
1   1:11508:A:G 0   11508   A   G
1   1:15820:G:T 0   15820   T   G
1   1:16257:C:G 0   16257   C   G
1   1:16378:C:T 0   16378   T   C

我试图通过运行部分解决此问题(仅删除[b37]):

sed -i -E 's/([b37])/:/g' 1kG_MDS5.bim

但是我得到了这个:

1   rs58108140  0   1058:   A   G
1   1:11508[:::]A,G 0   11508   A   G
1   1:15820[:::]G,T 0   15820   T   G
1   1:1625:[:::]C,G 0   1625:   C   G

您能为我提供如何获得最终结果的建议吗?不需要sed解决方案(awk会很棒)而且此文件包含大约600万行。

schrodigers好奇心

您可以尝试以下方法:

sed 's/\[b37\]\(.\),/:\1:/' 1kG_MDS5.bim

输出:

1   rs58108140  0   10583   A   G
1   1:11508:A:G 0   11508   A   G
1   1:15820:G:T 0   15820   T   G
1   1:16257:C:G 0   16257   C   G
1   1:16378:C:T 0   16378   T   C

模式中的问题是括号没有转义,因此请sed尝试替换出现的b,3和7,而不是字符串“ [b37]”。

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