在Linux中从Fasta文件中提取列

萨马尔·拉普普特(Saamar Rajput)

我有一个看起来像这样的fasta文件

>ENST00000632684.1 cdna chromosome:GRCh38:7:142786213:142786224:1 gene:ENSG00000282431.1 gene_biotype:TR_D_gene transcript_biotype:TR_D_gene gene_symbol:TRBD1 description:T cell receptor beta diversity 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12158]
GGGACAGGGGGC
>ENST00000434970.2 cdna chromosome:GRCh38:14:22439007:22439015:1 gene:ENSG00000237235.2 gene_biotype:TR_D_gene transcript_biotype:TR_D_gene gene_symbol:TRDD2 description:T cell receptor delta diversity 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:12255]
CCTTCCTAC

我想提取出gene_symbol和描述。但不幸的是,说明之间有空格,我无法提取完整的说明。

我已经试过了

cat Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa | grep ">" | cut -f 7,8 -d" "  > Human_Annotations

但这给了我这样的输出,描述被打破了。

gene_symbol:TRBD1 description:T
gene_symbol:TRDD2 description:T

我想要这样的输出

TRBD1 T cell receptor beta diversity 1
TRDD2 T cell receptor delta diversity 2
通配符

尝试这样的事情:

cat ... | sed -n '/^>/ { s/.*description: *//; s/\[.*//; p; }'

(未经测试,因为我正在使用手机。)

还有更多优雅的方法。例如,Awk循环将是最灵活的。

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