我有一个文件,每行有两个文件名,如下所示:
file1.fastq.gz file2.fastq.gz
...
file9fastq.ga file10fastq.gz
如何将两个名称作为脚本的参数传递?
使用while read
循环:
while read -r file1 file2 trash; do
something with "$file1" and "$file2"
done < /path/to/input_file
这将逐行读取,设置你的输入文件中的行file1
,并file2
分别与第一和第二列。trash
可能是不必要的,但我想将其包括在内以处理您可能遇到的问题,例如:
file1.fastq.gz file2.fastq.gz foo
如果您的文件包含上述一行,并且您没有包含trash
变量(或类似file2
变量),则您的变量将设置为:file2.fastq.gz foo
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