将另一个脚本调用的脚本上的for循环转换为GNU并行命令

69Er

当前,我具有以下脚本,用于在我创建的可重复环境下的Unix系统上使用HaploTypeCaller程序:

#!/bin/bash
#parallel call SNPs with chromosomes by GATK
for i in 1 2 3 4 5 6 7
do
  for o in A B D
  do
    for u in _part1 _part2
    do 
      (gatk HaplotypeCaller \
        -R /storage/ppl/wentao/GATK_R_index/genome.fa \
        -I GATK/MarkDuplicates/ApproachBsortedstettler.bam \
        -L chr$i$o$u \
        -O GATK/HaplotypeCaller/HaploSample.chr$i$o$u.raw.vcf &)
    done
  done
done

gatk HaplotypeCaller \
    -R /storage/ppl/wentao/GATK_R_index/genome.fa \
    -I GATK/MarkDuplicates/ApproachBsortedstettler.bam \
    -L chrUn \
    -O GATK/HaplotypeCaller/HaploSample.chrUn.raw.vcf&

如何将这段代码至少部分更改为并行?我是否应该尝试将整个脚本合并到一个不同的脚本中,在这里您可以在一个不同的问题上看到吗?我会在性能上得到很大的提升吗?

费多尔·迪卡列夫(Fedor Dikarev)
parallel echo HaploSample.chr{1}{2}{3}.raw.vcf ::: 1 2 3 4 5 6 7 ::: A B D ::: _part1 _part2

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