从python 2.7.5中的文本文件中提取字符串

一个P。

您好,我是python的新手,希望您能为我提供帮助。我有一个文本文件(称为data.txt),其中包含基因编号的数据以及相应的rs编号和一些距离度量。数据看起来像这样:

   rs1982171     55349     40802

   rs6088650     55902     38550

   rs1655902     3105      12220

   rs1013677     55902      0

其中第一列是rs号,第二列是基因号,第三列是某种距离度量。数据要大得多,但是希望以上内容可以使您对数据集有所了解。我要做的是找到与某个基因相对应的所有rs编号。例如,对于上面的数据集,基因55902 = {rs6088650,rs1013677}。理想情况下,我希望我的代码找到与给定基因相对应的所有rs号。由于我现在无法执行此操作,因此我写了一个简短的代码,该代码给出了data.txt文件中包含字符串“ 55902”的行:

  import re
  data=open("data.txt","r")
  for line in data:
      line=line.rstrip()
      if re.search("55902",line):
      print line

这段代码的问题是输出是这样的:

    rs6088650    55902     38550

    rs1655902    3105      12220

    rs1013677    55902     0

我希望我的代码忽略rs号中的字符串“ 55902”。换句话说,由于基因编号不是55902,因此我没有在上述输出中输出第二行的代码。我希望输出为:

       rs6088650     55902   38550

       rs1013677     55902   0

我如何修改上面的代码来实现我想要的。任何帮助,将不胜感激。提前致谢。

虎鹰T3

这里不需要正则表达式,因为您需要的只是一个简单的静态序列。这行:

if re.search("55902",line):

可以表示为:

if "55902" in line:

如果只想检查第二列,请先分割行:

if '55902' in line.split()[1]:

由于您现在已经检查了正确的列,因此请检查是否相等而不是成员身份:

if line.split()[1] == '55902':

本文收集自互联网,转载请注明来源。

如有侵权,请联系[email protected] 删除。

编辑于
0

我来说两句

0条评论
登录后参与评论

相关文章

来自分类Dev

Python 2:使用正则表达式从文本文件中提取整行,并从另一个子字符串中提取子串

来自分类Dev

在 Python 中的文本文件的 2 个条件之间打印字符串

来自分类Dev

python-如何从文本文件的每一行提取字符串?

来自分类Dev

如何在文本文件中的某个字符串之后从python中的文本文件中提取数据?

来自分类Dev

使用psycopg2从python中的元组中提取字符串

来自分类Dev

从文本文件中读取字符串作为python中的变量

来自分类Dev

在python中使用正则表达式从文本文件中提取特定的字符串

来自分类Dev

从文本文件中读取字典可将整数键转换为字符串:Python

来自分类Dev

从文本文件中读取字典可将整数键转换为字符串:Python

来自分类Dev

如何编写单源兼容的Python 2/3代码以从内存字符串写入文本文件

来自分类Dev

如何从.INI文件中读取字符串,然后从文本文件中读取该字符串,并使用Python打印整行?

来自分类Dev

如何从python中两个单独的文本文件中基于子字符串提取行?

来自分类Dev

从文本文件中提取字符串

来自分类Dev

从Python中的文本文件中提取数值数据

来自分类Dev

从Python的文本文件中的字段中提取数据

来自分类Dev

从python 3中的文本文件中提取数据

来自分类Dev

在 Python 中匹配和从文本文件中提取

来自分类Dev

使用python提取文本文件中两个字符串之间的值

来自分类Dev

在python 3.0中同时读取两个文本文件并提取所需的字符串

来自分类Dev

从 Python 中的文本文件中读取包含文本字符串的整行

来自分类Dev

如何从文本文件中的python中的字符串中删除空['']

来自分类Dev

使用Python从字符串中提取2位整数

来自分类Dev

如何从python中的文本文件中获取子字符串?

来自分类Dev

根据Python中的索引列表减去文本文件中的字符串

来自分类Dev

在文本文件中搜索多行字符串,然后在Python中返回行号

来自分类Dev

在 Python 中的文本文件中打印字符串“Image”以及匹配的模式

来自分类Dev

替换> 2GB文本文件中的6000多个字符串

来自分类Dev

python在文本文件中搜索字符串并将值添加到变量

来自分类Dev

将字符串与python中的文本文件进行比较

Related 相关文章

  1. 1

    Python 2:使用正则表达式从文本文件中提取整行,并从另一个子字符串中提取子串

  2. 2

    在 Python 中的文本文件的 2 个条件之间打印字符串

  3. 3

    python-如何从文本文件的每一行提取字符串?

  4. 4

    如何在文本文件中的某个字符串之后从python中的文本文件中提取数据?

  5. 5

    使用psycopg2从python中的元组中提取字符串

  6. 6

    从文本文件中读取字符串作为python中的变量

  7. 7

    在python中使用正则表达式从文本文件中提取特定的字符串

  8. 8

    从文本文件中读取字典可将整数键转换为字符串:Python

  9. 9

    从文本文件中读取字典可将整数键转换为字符串:Python

  10. 10

    如何编写单源兼容的Python 2/3代码以从内存字符串写入文本文件

  11. 11

    如何从.INI文件中读取字符串,然后从文本文件中读取该字符串,并使用Python打印整行?

  12. 12

    如何从python中两个单独的文本文件中基于子字符串提取行?

  13. 13

    从文本文件中提取字符串

  14. 14

    从Python中的文本文件中提取数值数据

  15. 15

    从Python的文本文件中的字段中提取数据

  16. 16

    从python 3中的文本文件中提取数据

  17. 17

    在 Python 中匹配和从文本文件中提取

  18. 18

    使用python提取文本文件中两个字符串之间的值

  19. 19

    在python 3.0中同时读取两个文本文件并提取所需的字符串

  20. 20

    从 Python 中的文本文件中读取包含文本字符串的整行

  21. 21

    如何从文本文件中的python中的字符串中删除空['']

  22. 22

    使用Python从字符串中提取2位整数

  23. 23

    如何从python中的文本文件中获取子字符串?

  24. 24

    根据Python中的索引列表减去文本文件中的字符串

  25. 25

    在文本文件中搜索多行字符串,然后在Python中返回行号

  26. 26

    在 Python 中的文本文件中打印字符串“Image”以及匹配的模式

  27. 27

    替换> 2GB文本文件中的6000多个字符串

  28. 28

    python在文本文件中搜索字符串并将值添加到变量

  29. 29

    将字符串与python中的文本文件进行比较

热门标签

归档