我的目标是打开多个文件(一个接一个,在bash终端中使用for循环),然后使用PLINK(一个程序)和后来的python函数对其进行修改。以下是代码:
for i in {1..10}; do
plink --cow --noweb --lfile $i --extract extract1.snp --recode --out 1$i
python -c 'import file_convert;file_convert.convert_tree_mix("1$i.map","tmp$i")'
done
但是,正如预期的那样,python无法读取并且无法打开“ 11.map”,它没有用“ 1”替换“ $ i”。每次基于“ i”的值
您需要将整个python代码包含在双引号中,以便python代码内部$1
将得到扩展。$1
在外壳程序中是指第一个参数。
python -c "import file_convert;file_convert.convert_tree_mix(\"1$i.map\",\"tmp$i\")"
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