我正在使用序列数据，但我愚蠢的找不到在使用awk而不以“ ”开头的行.中用“ X”替换“ ”的正确方法>。我真的需要使用awk而不是sed。
我已经走了这么远，但全都是“。” 以此方式替换：
awk '/^>/ {next} {gsub(/\./,"X")}1' Sfr.pep > Sfr2.pep
子数据示例：
>sequence.1
GTCAGTCAGTCA.GTCAGTCA
结果我想得到：
>sequence.1
GTCAGTCAGTCAXGTCAGTCA
这样做似乎更自然sed：
sed '/^>/!y/./X/' Sfr.pep >Sfr2.pep
这将与^>当前行匹配（“此行是否以>字符开头？”）。如果该表达式并不匹配，则该y命令用于改变各点在该行X。
测试：
$ cat Sfr.pep
>sequence.1
GTCAGTCAGTCA.GTCAGTCA
$ sed '/^>/!y/./X/' Sfr.pep >Sfr2.pep
$ cat Sfr2.pep
>sequence.1
GTCAGTCAGTCAXGTCAGTCA
awk代码的主要问题是，next每当遇到fasta标头行时，就会执行该代码。这意味着您的代码仅产生序列数据，而没有标题。虽然该序列数据应该看起来还可以，但这并没有太大帮助。
简单地否定测试并丢弃next块（或之前的next带print）将解决它在awk你，但，这是我个人的看法，使用y命令sed比使用更优雅gsub()（或s///g中sed）音译为单个字符。
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