R-根据p值的颜色图

奥利·J

我有数百个箱型图,这些箱型图是从庞大的数据集中自动打印出来的,如果变量在所选组中具有统计显着性,则我编写了代码以对图“珊瑚”上色;如果未检测到显着性,则制造了代码。我做到了col=ifelse(...< 0.05,'coral','aquamarine')

虽然如果根据p值对箱形图进行着色,我的输出将更容易浏览。因此,我想告诉col=...您从p值介于0.05-0.01到黄色,0.01-0.005到橙色以及<0.005到红色的范围内的变量的彩色图。

我尝试过

boxplot(a~b, data=df, col=if(pv1<0.05)"yellow" else if (pv1<0.01) "orange" else if (pv1<0.005) "red" else "green")

如您所见,因为值重叠,所以不会这样做。我需要做的是在if句子中写下范围,但我只是不知道该怎么做。

这是一些数据。请注意,各组的实际p值与此处给出的值不同。我只显示pv1、2和3,以便您可以测试代码。

a <- c(23,24,64,12,4,75,12,65,86,76)
b <- c(1,2,2,1,2,1,3,3,1,3)
df  <-  data.frame(a,b)
pv1  <- c(0.05)
pv2  <- c(0.01)
pv3  <- c(0.005)
ath

要修改您的if...else陈述,您应该反过来考虑(在这里,您要问“如果它不是<0.05,那么如果它是<0.01 ...”,那是不可能的),因此您可以这样写:

col=if(pv1<0.005)"red" else if (pv1<0.01) "orange" else if (pv1<0.05) "yellow" else "green"

例子

pv1 <- 0.04 ; if(pv1<0.005)"red" else if (pv1<0.01) "orange" else if (pv1<0.05) "yellow" else "green" # "yellow"
pv1 <- 0.004 ; if(pv1<0.005)"red" else if (pv1<0.01) "orange" else if (pv1<0.05) "yellow" else "green" # "red"
pv1 <- 0.06 ; if(pv1<0.005) "red" else if (pv1<0.01) "orange" else if (pv1<0.05) "yellow" else "green" # "green"
pv1 <- 0.006 ; if(pv1<0.005) "red" else if (pv1<0.01) "orange" else if (pv1<0.05) "yellow" else "green" # "orange"

另一种选择是,如果您的p值在向量中,则可以尝试cut

mycolours <- as.character(cut(pv1, ,c(1,0.05,0.01,0.005,0), right=F, labels=c("red","orange","yellow","aquamarine"), include.lowest=T))

进而

boxplot(a~b, data=df, col=mycolours)

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