我有一个组成值0、1和2的矩阵。值的99％为0。该矩阵有100万行和700列。每行至少有一个非零值。
我需要使用此公式计算每对列之间的距离，以计算x和y之间的距离：D =（Sum（| xi-yi |）/ 2L，i从1到L，L = 1百万，即数量行。
我写了一段R代码，但是计算时间太长，是否可以使用动态编程更快地完成它？这是我的代码：
#mac is the matrix
nCols=ncol(mac)
nRows=nrow(mac)
#the pairwise distance matrix
distMat=matrix(data=-1,nrow=nCols,ncol=nCols)
abs.dist=function(x){return(abs(x[1]-x[2]))}
for(i in 1:(nCols-1)){
for(j in (i+1):nCols){
d1=apply(mac[,c(i,j),1,abs.dist)
k=sum(d1)/(2*nRows)
distMat[i,j]=k
distMat[j,i]=k
}
}
for(i in 1:nCols) distMat[i,i]=0
非常感谢您的帮助？
我将总结一下评论中已经包含的内容：
#mac is the matrix
nCols=ncol(mac)
nRows=nrow(mac)
#the pairwise distance matrix
distMat=matrix(data=-1,nrow=nCols,ncol=nCols)
for(i in 1:(nCols-1)){
for(j in (i+1):nCols){
d1=abs(mac[,i]-mac[,j])
k=sum(d1)/(2*nRows)
distMat[i,j]=k
distMat[j,i]=k
}
}
diag(distMat) <- 0
对于2000x500矩阵，这大约快100倍。1e6x700矩阵花了大约半分钟。
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