免责声明：我正在使用Mac OSX。bash脚本与需要处理的文件位于不同的目录中。从这里开始我的奋斗……
帮助1：我有多个文件，每个文件都存放在父目录的子目录中，需要将其作为我的生物信息学工具的输入文件。我发现for循环对此适用。
for file in ~/Desktop/parent\ folder/*/*.txt;
do exTool INPUT= ${file##*/} OUTPUT= ${file%.txt}_exd.txt
我希望输入文件（通过剪切附加到$ file的文件夹列表），然后输出文件，删除“ .txt”并添加_exd.txt。我得到的错误是输入携带文件夹列表，特别是空格“ parent \ folder”引起错误的输入信息。
帮助2：作为第一种情况的扩展，如果要将文件输出到与输入相同的子目录中，是否必须添加特殊命令？
帮助3：如果我在每个子目录（input_1.txt和input_2.txt）中都有2个文件，我想将两个文件都输入到一个命令中。如果嵌套在for循环中，脚本将如何显示？
for file in ~/Desktop/parent\ folder/*/*.txt;
do bioTool INPUT1= ${file%.txt}_1.txt INPUT2= ${file%.txt}_2.txt OUTPUT= ${file%%.*}
对于输出，请注意，我只需要基本文件名，因为该工具将在名称末尾附加一个数字，以表示第一个和第二个文件输出以及扩展名。由于某种原因，我觉得for循环中“ in”之后的部分执行不正确。将脚本放置在与文件不同的目录中，这是一个令人讨厌的解决方案。
任何帮助将不胜感激，支持，喜欢，接受，喜欢。非常感谢您的帮助。
帮助1
由于空白，您需要引用以下内容：
INPUT= "${file##*/}" OUTPUT= "${file%.txt}"_exd.txt
但是，INPUT=文件名和文件名之间有一个空格，这似乎有些奇怪。
帮助3
如果您有文件，input_1.txt则${file%.txt}_1.txt成为input_1_1.txt。
我将匹配确切的文件名：
for file in ~/Desktop/parent\ folder/*/input_1.txt; do
bioTool INPUT1= "${file}" INPUT2= "${file%_1.txt}_2.txt" OUTPUT= "${file%%.*}"
done
帮助4
那根本没有壳的东西。
更改为子目录
for file in ~/Desktop/parent\ folder/*/input_1.txt; do
subdir="${file%/*}"
pushd "$subdir" &>/dev/null
file="${file##*/}"
bioTool INPUT1= "${file}" INPUT2= "${file%_1.txt}_2.txt" OUTPUT= "${file%%.*}"
popd &>/dev/null
done
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