我有一个fasta文件，其中包含多种病毒的基因组序列。
例子：
>gi_138375030_Human_papillomavirus
GAAAGTTTCAATCATACTTTATTATATTGGGAGTAAAAAAAA...
>gi_94481944_Human_herpesvirus_3
GGCCCAGCCCTCTCGCGGCCCCCTCGAGAGAGAAAAAAA...
我只想提取疱疹病毒条目，包括实际序列，在此文件中，该序列始终是（在此文件中）遵循说明的行。
以下正则表达式的工作原理：
>.*herpes.*\n.*\n
它选择描述和顺序行。
我发现了类似的问题，但都使用了“书签行”功能：将Textpad或Notepad ++中的所有正则表达式匹配项导出为列表
但是，这仅将正则表达式输出的第一行添加为书签，因此我无法使用所描述的解决方案。如果我使用“在当前文档中查找全部”，它也仅列出第一行。
我要做的就是将regex的输出复制到一个新文件中。尤其令人沮丧的是，它发现的条目刚好超过一百，这正好高于我愿意手动执行的边距。
我希望使用Windows操作系统中的解决方案。
您可以复制该文件，然后在该副本上搜索并替换所需的否定项：
(?!>.*herpes.*)^(>.*\R)([ATGC]+\R)
上面将（或应该）找到没有疱疹的成对线。再加上一个空白的replace字段，您将得到一个只包含您要查找的文件的文件。
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