根据行数选择文件并处理结果

垫子

我有大量文件,所有文件都具有相同的格式。

line 1: Gene ID
line 2: chromosomal position
line 3 - x: names of genetic variants)

我只想选择包含至少5个变体的文件(即,总共至少包含10行的文件)。如果一个文件至少有5个变体,我想将减去前两行的内容写到一个新文件中。下面,我提供了两个示例输入文件foo1foo2

foo1:

echo {885743,4:139381:3783883,rs93487,rs82727,rs111} | tr " " "\n" > foo1

foo2:

echo {10432,1:3747548:2192993,rs10204,rs262222,rs436363,rs3636,rs9878,rs11856} | tr " " "\n" > foo2

所需的输出文件(在这种情况下只有1个文件,实际上会有多个单独的输出文件)foo2.checked:,看起来像:

rs10204
rs262222
rs436363
rs3636
rs9878
rs11856
 # for each file in the current directory you can refine the ls command to match 
 # only the files you want. or if in a script file pass in the file list 
 for file in *
 do
    # if the file has more than 10 lines.
    if (( $(<"${file}" wc -l) > 10 )); then
       # print line 3 to end of file and pipe it to a file with the same
       # name as the input file with the added .checked at the end.
       sed -n '3,$p' -- "${file}" > "${file}.checked"
    fi
 done

本文收集自互联网,转载请注明来源。

如有侵权,请联系[email protected] 删除。

编辑于
0

我来说两句

0条评论
登录后参与评论

相关文章

来自分类Dev

使用jQuery的POST表单并处理结果

来自分类Dev

以编程方式进行Google搜索并处理结果

来自分类Dev

Celery - 一个任务运行 N 个任务,等待它们并处理结果

来自分类Dev

多处理结果列表

来自分类Dev

GooglePlus登录处理结果

来自分类Dev

linux命令的处理结果

来自分类Dev

如何根据其他记录的处理结果在Kafka中处理记录?

来自分类Dev

选择输入中的onChange事件,然后在同一页面上显示处理结果

来自分类Dev

Android-Loopj取消处理结果

来自分类Dev

多核多线程处理结果怪异

来自分类Dev

如何从forkJoin返回处理结果

来自分类Dev

来自 ReactiveX Observable 的批处理结果

来自分类Dev

Python中多处理后的后处理结果

来自分类Dev

.NET服务器如何将文件处理结果推送到客户端jQuery?

来自分类Dev

等待承诺完成,然后再处理结果

来自分类Dev

Libreoffice headless处理结果未返回,但等待超时

来自分类Dev

Java和Matlab的不同图像处理结果

来自分类Dev

执行多个Windows cmd命令并存储处理结果

来自分类Dev

T-SQL:处理结果周期并按组计数

来自分类Dev

返回处理结果后无法触发取消按钮操作

来自分类Dev

来自Java和Matlab的不同图像处理结果

来自分类Dev

使用SIGSTOP停止的服务请求的处理结果

来自分类Dev

chkrootkit给出了未找到的处理结果tty

来自分类Dev

从exe捕获处理结果(右键单击上下文)

来自分类Dev

NodeJS 查询处理结果设计模式避免嵌套 then 语句

来自分类Dev

在 forEach 循环中运行 sequelize 查询。无法处理结果

来自分类Dev

写入文件并处理重复条目

来自分类Dev

读入并处理多个外部SVG文件

来自分类Dev

从匹配打印并处理多个输入文件

Related 相关文章

热门标签

归档