数值积分所花费的时间比我预期的长。我想知道我在网格上实现迭代的方式是否可能是一个促成因素。我的代码如下所示:
import numpy as np
import itertools as it
U = np.linspace(0, 2*np.pi)
V = np.linspace(0, np.pi)
for (u, v) in it.product(U,V):
# values = computation on each grid point, does not call any outside functions
# solution = sum(values)
return solution
我省略了计算,因为它们很长,我的问题特别是关于我在参数空间(u,v)上实现计算的方式。我知道诸如以下的替代方法numpy.meshgrid
:但是,所有这些似乎都创建了(非常大)矩阵的实例,我猜想将它们存储在内存中会使速度变慢。
有没有其他选择it.product
可以加快我的程序的速度,还是我应该在其他地方寻找瓶颈?
编辑:这是有问题的for循环(以查看是否可以向量化)。
import random
import numpy as np
import itertools as it
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# Initialize the inputs with random (to save space)
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mat1 = np.array([[random.random() for i in range(3)] for i in range(3)])
mat2 = np.array([[random.random() for i in range(3)] for i in range(3)])
a1, a2, a3 = np.array([random.random() for i in range(3)])
plane_normal = np.array([random.random() for i in range(3)])
plane_point = np.array([random.random() for i in range(3)])
d = np.dot(plane_normal, plane_point)
truthval = True
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# Initialize the loop
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N = 100
U = np.linspace(0, 2*np.pi, N + 1, endpoint = False)
V = np.linspace(0, np.pi, N + 1, endpoint = False)
U = U[1:N+1] V = V[1:N+1]
Vsum = 0
Usum = 0
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# The for loops starts here
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for (u, v) in it.product(U,V):
cart_point = np.array([a1*np.cos(u)*np.sin(v),
a2*np.sin(u)*np.sin(v),
a3*np.cos(v)])
surf_normal = np.array(
[2*x / a**2 for (x, a) in zip(cart_point, [a1,a2,a3])])
differential_area = \
np.sqrt((a1*a2*np.cos(v)*np.sin(v))**2 + \
a3**2*np.sin(v)**4 * \
((a2*np.cos(u))**2 + (a1*np.sin(u))**2)) * \
(np.pi**2 / (2*N**2))
if (np.dot(plane_normal, cart_point) - d > 0) == truthval:
perp_normal = plane_normal
f = np.dot(np.dot(mat2, surf_normal), perp_normal)
Vsum += f*differential_area
else:
perp_normal = - plane_normal
f = np.dot(np.dot(mat2, surf_normal), perp_normal)
Usum += f*differential_area
integral = abs(Vsum) + abs(Usum)
如果U.shape == (nu,)
和(V.shape == (nv,)
,则以下数组会将大多数计算向量化。使用numpy时,通过将数组用于最大尺寸并在较小的尺寸(例如3x3)上循环,可以达到最佳速度。
更正版本
A = np.cos(U)[:,None]*np.sin(V)
B = np.sin(U)[:,None]*np.sin(V)
C = np.repeat(np.cos(V)[None,:],U.size,0)
CP = np.dstack([a1*A, a2*B, a3*C])
SN = np.dstack([2*A/a1, 2*B/a2, 2*C/a3])
DA1 = (a1*a2*np.cos(V)*np.sin(V))**2
DA2 = a3*a3*np.sin(V)**4
DA3 = (a2*np.cos(U))**2 + (a1*np.sin(U))**2
DA = DA1 + DA2 * DA3[:,None]
DA = np.sqrt(DA)*(np.pi**2 / (2*Nu*Nv))
D = np.dot(CP, plane_normal)
S = np.sign(D-d)
F1 = np.dot(np.dot(SN, mat2.T), plane_normal)
F = F1 * DA
#F = F * S # apply sign
Vsum = F[S>0].sum()
Usum = F[S<=0].sum()
使用相同的随机值,将产生相同的值。在100x100的情况下,速度要快10倍。一年后与这些矩阵一起玩很有趣。
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