如何合并来自awk中两个文件的数据

debugcn 发表于 Dev

斯达西汀

我有两个文件，A.txt和B.txt：

A.txt（sep = \ t）：

Well    Sample Name Target Name Task    Reporter
A1  B1000-1 MS2 UNKNOWN JUN 
A1  B1000-1 Ngene   UNKNOWN VIC 
A1  B1000-1 ORF1ab  UNKNOWN FAM 
A1  B1000-1 Sgene   UNKNOWN ABY 
A2  B500-3  MS2     UNKNOWN JUN 
A2  B500-3  Ngene   UNKNOWN VIC 
A2  B500-3  ORF1ab  UNKNOWN FAM

和B.txt（sep =;）

kit;;;;;;;
Software Version = cti;;;;;;;
Date And Time of Export = 06/02/20  14:14:11;;;;;;;
Experiment Name = taq;;;;;;;
Instrument Software Version = ;;;;;;;
Instrument Type = sds7500fast;;;;;;;
Instrument Serial Number = ;;;;;;;
Run Start Date = Tue Jun 02 12:00:40 CEST 2020;;;;;;;
Run End Date = Tue Jun 02 13:14:42 CEST 2020;;;;;;;
Run Operator = FE;;;;;;;
Batch Status = VALID;;;;;;;
;;;;;;;
Date And Time of Export;Batch ID;Sample Name;Well;Sample Type;Status;Interpretive;Action*;Cт
06/02/2020 14:14;020620 TAQPATH BIS;B50-1-KF;H2;Patient;VALID;SARS-CoV-2 Not Detected;REPORT;29.2525;Undetermined;16.0231;33.9412

我想在输出文件中获取它C.txt：

kit;;;;;;;
Software Version = cti;;;;;;;
Date And Time of Export = 06/02/20  14:14:11;;;;;;;
Experiment Name = taq;;;;;;;
Instrument Software Version = ;;;;;;;
Instrument Type = sds7500fast;;;;;;;
Instrument Serial Number = ;;;;;;;
Run Start Date = Tue Jun 02 12:00:40 CEST 2020;;;;;;;
Run End Date = Tue Jun 02 13:14:42 CEST 2020;;;;;;;
Run Operator = FE;;;;;;;
Batch Status = VALID;;;;;;;
;;;;;;;
Date And Time of Export;Batch ID;Sample Name;Well;Sample Type;Status;Interpretive;Action*;MS2;Ngene;ORF1ab;Sgene
06/02/2020 14:14;020620 TAQPATH BIS;B50-1-KF;H2;Patient;VALID;SARS-CoV-2 Not Detected;REPORT;29.2525;Undetermined;16.0231;33.9412

所以我想筛选以A1in开头的行，A.txt并将这些行的第3个字段复制为的第13行的第9个字段B.txt。

我已经用不同的FNR == NR进行了一些测试，但没有确定的结果。

谢谢

芒登

这是一种方法：

$ awk -F'[;\t]' '{if(NR==FNR){if($1=="A1"){s==""?s=$3:s=s";"$3;}}else{if(FNR==13){$9=s;}OFS=";";print}}' A.txt B.txt 
kit;;;;;;;
Software Version = cti;;;;;;;
Date And Time of Export = 06/02/20  14:14:11;;;;;;;
Experiment Name = taq;;;;;;;
Instrument Software Version = ;;;;;;;
Instrument Type = sds7500fast;;;;;;;
Instrument Serial Number = ;;;;;;;
Run Start Date = Tue Jun 02 12:00:40 CEST 2020;;;;;;;
Run End Date = Tue Jun 02 13:14:42 CEST 2020;;;;;;;
Run Operator = FE;;;;;;;
Batch Status = VALID;;;;;;;
;;;;;;;
Date And Time of Export;Batch ID;Sample Name;Well;Sample Type;Status;Interpretive;Action*;MS2;Ngene;ORF1ab;Sgene
06/02/2020 14:14;020620 TAQPATH BIS;B50-1-KF;H2;Patient;VALID;SARS-CoV-2 Not Detected;REPORT;29.2525;Undetermine

或者，更容易阅读：

awk -F'[;\t]' '{
     if(NR==FNR){
        if($1=="A1"){
           if(s==""){ s=$3 }
           else{ s=s";"$3 }
         }
     else{
        if(FNR==13){ $9=s; } 
          OFS=";"; 
          print
        }
     }' A.txt B.txt > C.txt

解释：

-F'[;\t]'：这会将字段分隔符设置为;或，\t因此我们可以正确读取两个文件。请注意，这假设没有;in fileA，也没有\tinfileB。
if(NR==FNR){：如果我们正在读取第一个文件。
if($1=="A1"){：如果第一个字段是A1。
s==""?s=$3:s=s";"$3;：如果变量s为空，则将其设置为的值$3。如果不为空，请添加;，然后添加$3。这将建立我们想要插入的字符串B.txt。
else { ：如果我们正在读取第二个文件（这将完成if(NR==FNR)）。
if(FNR==13){ $9=s; }：如果这是当前文件的第13行，则将第9字段设置为的值s。
OFS=";"; print：我们要打印第二个文件中的所有行，但是我们需要将输出字段分隔符;正确打印。