如何在R中创建可读且可保存的大型缠结图

debugcn 发表于 Dev

杰米

我正在使用cophyloplot创建两个系统发育树的缠结图。该方法适用于小型树木，但是当树木变大时，输出图像将保持相同的大小，我找不到扩展它的方法。

下面是运行良好的一棵小树的代码（与以下示例基本相同：https : //www.rdocumentation.org/packages/ape/versions/5.4-1/topics/cophyloplot）：

library(ape)

#two random trees
TreeA <- rtree(10)
TreeB <- rtree(10)

#creation of the association matrix:
association <- cbind(TreeB$tip.label, TreeB$tip.label)

cophyloplot(TreeA, TreeB, assoc = association, length.line = 4, space = 28, gap = 3)

小树代码将产生以下内容：

但是当我使用较大的树时，它们变得不可读。例如，使用具有100个技巧的树将导致：

无法读取笔尖标签。如何扩展渲染以便可读？

塔尔·加利利

缠结函数带有许多选项，可以改善您获得的图像的输出（尤其是参数lab.cex和margin_inner）。尽管最大的因素可能是纠结图的外部因素，并且是图形设备的大小（通过dev.new），所以在此处使用宽度和高度可能会解决大多数问题

这是一个简单的自包含代码，显示了如何使用这些选项来获得良好的输出。

########
## Nice example of some colored trees
# see the coloring of common sub trees:
set.seed(23235)
ss <- sample(1:150, 100)
dend1 <- iris[ss, -5] %>%
  dist() %>%
  hclust("com") %>%
  as.dendrogram()
dend2 <- iris[ss, -5] %>%
  dist() %>%
  hclust("sin") %>%
  as.dendrogram()
dend12 <- dendlist(dend1, dend2)
# dend12 %>% untangle %>% tanglegram
dev.new(width=5, height=4)

dend12 %>% tanglegram(common_subtrees_color_branches = TRUE,
                      lab.cex = .5, margin_inner = 1.3)