从文本文件读取矩阵到numpy

debugcn 发表于 Dev

Homap

我正在使用仅以以下格式输出对称矩阵的上三角的软件：

         2       3       4       5       6       7       8     
1:   -0.00    0.09    0.03   -0.27   -0.28    0.83   -0.31  
2:            0.09    0.03   -0.26   -0.28    0.83   -0.31
3:                    0.00    0.11    0.11    0.33    0.10 
4:                            0.03    0.03   -0.00    0.03 
5:                                   -0.02    0.91   -0.04 
6:                                            0.92   -0.03 
7:                                                    0.91

我想在热图中绘制此矩阵。但是，在将此文本文件读取到数据结构中时遇到问题。我如何将这个文本文件转换为例如numpy可以用作绘图矩阵的数组？

谢谢！

笨狼

如果我正确读取了文本文件，则可以使用带有空格分隔符的熊猫读取文件：

import pandas as pd
import numpy as np
dat = pd.read_csv("test.txt",index_col=0,delimiter='\s+').to_numpy()

看起来像这样：

array([[-0.  ,  0.09,  0.03, -0.27, -0.28,  0.83, -0.31],
       [ 0.09,  0.03, -0.26, -0.28,  0.83, -0.31,   nan],
       [ 0.  ,  0.11,  0.11,  0.33,  0.1 ,   nan,   nan],
       [ 0.03,  0.03, -0.  ,  0.03,   nan,   nan,   nan],
       [-0.02,  0.91, -0.04,   nan,   nan,   nan,   nan],
       [ 0.92, -0.03,   nan,   nan,   nan,   nan,   nan],
       [ 0.91,   nan,   nan,   nan,   nan,   nan,   nan]])

所以我们只需要反转nan：

idx = np.arange(dat.shape[1])
arr = np.empty(dat.shape)
for i in range(dat.shape[1]):
    arr[i] = dat[i][np.concatenate([idx[-i:],idx[:-i]])]

最终结果如下所示：

arr

array([[-0.  ,  0.09,  0.03, -0.27, -0.28,  0.83, -0.31],
       [  nan,  0.09,  0.03, -0.26, -0.28,  0.83, -0.31],
       [  nan,   nan,  0.  ,  0.11,  0.11,  0.33,  0.1 ],
       [  nan,   nan,   nan,  0.03,  0.03, -0.  ,  0.03],
       [  nan,   nan,   nan,   nan, -0.02,  0.91, -0.04],
       [  nan,   nan,   nan,   nan,   nan,  0.92, -0.03],
       [  nan,   nan,   nan,   nan,   nan,   nan,  0.91]])

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