curl命令在Mac和Windows上的行为有所不同

debugcn 发表于 Dev

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我有一些可以在Mac上运行的R代码，但是其他人正在尝试在Windows上运行它，但似乎不起作用。我一直在使用的代码是：

for(i in 1:length(SNPs.needproxies)){
       print(i)
       system(paste0("curl -k -X GET 'https://ldlink.nci.nih.gov/LDlinkRest/ldproxy?var=",SNPs.needproxies[i],"&pop=MXL&r2_d=r2&token=",token,"' > ", dir,"out.",SNPs.needproxies[i],".txt"))
}

如果我尝试在Windows上运行此程序，则会收到错误消息

不支持或禁用https”。

我们缩小了问题的范围，因为似乎地址中的单引号应替换为双引号。但是，由于这是paste0()函数内的功能，因此它认为还有其他内容，因此我们认为使用反斜杠将双引号转义，即，\"https://ldlink.nci.nih.gov/LDlinkRest/ldproxy?var=",SNPs.needproxies[i],"&pop=MXL&r2_d=r2&token=",token,"\"

这种工作方式是提供所需的输出，但应该将其打印到名为dir / out.file.txt之类的文件中，但不会执行此部分。

SNPs.needproxies是：

SNPs.needproxies <- c("rs709692","rs9659182","rs13064990","rs11130017","rs9832922" ,"rs36120363","rs4727815","rs7994762","rs72772387")

我有该网站的令牌，但无法共享该令牌，但它存储在称为令牌的对象中。

疯子

1.带有curl -o选项的system（）

注意到Windows上的curl要求将https地址括在双引号（而不是单引号）中之后，我将完全避免其余的管道问题-o，如果您坚持编写，则可以使用curl中的选项指定要写入结果的文件发出命令：

system(paste0("curl -k -X GET \"https://ldlink.nci.nih.gov/LDlinkRest/ldproxy?var=", SNPs.needproxies[i], "&pop=MXL&r2_d=r2&token=", token, "\" -o out.", SNPs.needproxies[i], ".txt"))

2. curl_download（）

另外，R有一些基于curl的软件包，这些软件包可以处理所有这些细节，例如curl：

library(curl)
url <- sprintf("https://ldlink.nci.nih.gov/LDlinkRest/ldproxy?var=%s&pop=MXL&r2_d=r2&token=%s", SNPs.needproxies[i], token)
curl_download(url, sprintf("out.%s.txt", SNPs.needproxies[i]))

3. file.download（）

您也可以file.download()按照Konrad的建议在这种情况下使用：

url <- sprintf("https://ldlink.nci.nih.gov/LDlinkRest/ldproxy?var=%s&pop=MXL&r2_d=r2&token=%s", SNPs.needproxies[i], token)
download.file(url, sprintf("out.%s.txt", SNPs.needproxies[i]))

4. GET（）

您也可以GET()从httr库中使用：

library(httr)
u <- "https://ldlink.nci.nih.gov/LDlinkRest/ldproxy"
q <- list(var = SNPs.needproxies[i],
          pop = "MXL",
          r2_d = "r2",
          token = token)
f <- sprintf("out.%s.txt", SNPs.needproxies[i])
GET(url = u, query = q, write_disk(f))

5. LDproxy（）

注意，似乎存在的R包专门用于连接到这个API这里。在您的情况下，代码为：

library(LDlinkR)
LDproxy(snp = SNPs.needproxies[i],
        pop = "MXL", 
        r2d = "r2", 
        token = token, 
        file = sprintf("out.%s.txt", SNPs.needproxies[i]))

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