假设我正在遵循蛇形建议的最佳实践工作流程。现在，我想知道给定文件的plots/myplot.pdf生成方式（即哪个版本）。我发现只有手头有结果文件夹，这很难甚至很难做到。
更详细地说，说我是使用生成结果的。snakemake --use-conda --conda-prefix ~/.conda/myenvs它将解析并下载以下规则中指定的conda环境（从文档中复制）：
rule NAME:
input:
"table.txt"
output:
"plots/myplot.pdf"
conda:
"envs/ggplot.yaml"
script:
"scripts/plot-stuff.R"
说的内容envs/ggplot.yaml如下：
channels:
- conda-forge
dependencies:
- r-ggplot2
完成后，ggplot环境将被保存为例如（注意，snakemake自动分配的环境名称d2d1d57b）：〜/ .conda / myevns / d2d1d57b
问题是，如果我将workflow子文件夹作为结果发送给其他人（或作为论文的补充），则不知道ggplot该运行使用了哪个版本。我只知道yaml文件的内容（使用--reports。时也会报告该文件）。另外，由于ggplot依赖于其他软件，例如R，我不知道使用该环境的给定规则使用了哪个R版本，因为yaml文件未列出间接依赖关系。
理想情况下，我想随工作流结果一起提供完整的环境软件版本。作为一种解决方法，可以使用conda env export name_of_env输出并将其复制到result文件夹中，但conda list -n ~/.conda/myevns/d2d1d57b不能正常使用（由于错误Characters not allowed: ('/', ' ', ':', '#')）
手动创建环境并进行检查确实可以给我（除其他信息外）：
r-base 4.0.2 he766273_1 conda-forge
r-ggplot2 3.3.2 r40h6115d3f_0 conda-forge
这正是我所追求的，但是手动操作当然太繁琐了。
据我所知，使用包装器时也是如此。
总之，给定一个工作流程，甚至对于工作流程中的给定文件，如何追溯使用哪些确切的软件版本来生成它。理想情况下，默认情况下，此信息将自动随工作流结果一起提供。
也许我什至错过了一些非常明显的东西，所以希望有人可以对此有所启发。
根据评论中的讨论，您可以将环境重定向到日志文件：
rule NAME:
input:
"table.txt"
output:
"plots/myplot.pdf"
log:
"mylog.txt"
conda:
"envs/ggplot.yaml"
shell:
"""
conda env export > {log}
yourcode
"""
但是，正如您指出的那样，如果人们不使用--use-conda，这将行不通，而且将其添加到每个规则很繁琐，因此您可以尝试这样的操作（未经测试，可能行不通）：
if workflow.use_conda:
shell.prefix("set -o pipefail; conda env export > {log}; ")
这会将导出添加到每个shell命令！
现在，如果您使用脚本，我不确定如何继续。“最简单的”可能只是在python / R的shell命令中调用“ conda env export”
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shell前缀技巧似乎无效，因此我删除了全文。
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