我需要从结构文件中cif
以PDB可用的格式提取单链。我已经阅读了几个相关的问题,例如this和this。如果链ID是整数或单个字符,则建议的解决方案确实可以很好地工作。如果将其应用于6KMW之类的结构以提取链,aA
则会引起错误TypeError: %c requires int or char
。完整的代码,用于再现下面的错误和输出。
from Bio.PDB import PDBList, PDBIO, FastMMCIFParser, Select
class ChainSelect(Select):
def __init__(self, chain):
self.chain = chain
def accept_chain(self, chain):
if chain.get_id() == self.chain:
return 1
else:
return 0
pdbl = PDBList()
io = PDBIO()
parser = FastMMCIFParser(QUIET = True)
pdbl.retrieve_pdb_file('6kmw', pdir = '.', file_format='mmCif')
structure = parser.get_structure('6kmw', '6kmw.cif')
io.set_structure(structure)
io.save('6kmw_aA.pdb', ChainSelect('aA'))
---------------------------------------------------------------------------
TypeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-5-095b98a12800> in <module>
18 structure = parser.get_structure('6kmw', '6kmw.cif')
19 io.set_structure(structure)
---> 20 io.save('6kmw_aA.pdb', ChainSelect('aA'))
~/miniconda3/envs/lab2/lib/python3.8/site-packages/Bio/PDB/PDBIO.py in save(self, file, select, write_end, preserve_atom_numbering)
368 )
369
--> 370 s = get_atom_line(
371 atom,
372 hetfield,
~/miniconda3/envs/lab2/lib/python3.8/site-packages/Bio/PDB/PDBIO.py in _get_atom_line(self, atom, hetfield, segid, atom_number, resname, resseq, icode, chain_id, charge)
227 charge,
228 )
--> 229 return _ATOM_FORMAT_STRING % args
230
231 else:
TypeError: %c requires int or char
有谁知道Biopython的功能来达到目的?最好不要依赖于通过自定义函数解析整个文件的文件。
我认为,您要实现的目标是不可能的。实际上,您要将cif文件转换为pdb文件。您可以在此过程中将蛋白质结构还原为单链,这并不重要。PDB格式是上个世纪的文件格式。(我知道到目前为止它的传播程度...)它是面向列的,并且只允许一个字符作为链ID。这就是无法下载蛋白质6KMW的PDB文件的原因。有关以下信息,请参见https://www.rcsb.org/structure/6KMW上的工具提示:“ PDB格式文件不适用于大型结构”。在您的情况下,“大”是指具有太多链的蛋白质,它们需要两个字符。
您不能将两个字符存储为PDB文件的链名。您现在有两个选择:
此代码段重命名了链,并将结构存储为pdb文件:
[...]
io.set_structure(structure)
for model in structure:
for chain in model:
if chain.get_id() == "A":
chain.id = "_"
print("renamed chain A to _")
if chain.get_id() == "aA":
chain.id = "A"
print("renamed chain aA to A")
io.save('6kmw_aA.pdb', ChainSelect('A'))
此代码段仅存储mmCIF格式的链“ aA”:
from Bio.PDB.mmcifio import MMCIFIO
io = MMCIFIO()
io.set_structure(structure)
io.save("6kmw_aA.cif", ChainSelect('aA'))
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