如何在ggtree的系统树中的同一标签中同时使用斜体和普通字体

Cai Bian

我想用斜体表示A,而正常用CBS。我认为ggtext可能有用,但出现错误。这是一个例子:

tree<-read.tree(text="(A,(B,C));")
labs=c("*A*CBS","B","C")
tree$tip.label<-labs
ggtree(tree)+ geom_tiplab(align=T) + geom_richtext()

error: geom_rich_text requires the following missing aesthetics: label

我也试过

ggtree(tree)+ aes(label=labs)+geom_tiplab(align=T) + geom_richtext()
error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (5): label

但是我需要的富文本位于三个提示标签中,而不是全部五个标签(提示和节点)都没人知道如何添加标签的美感(作为提示标签)吗?

瓦尔迪

您可以将parse = T参数与数学注释结合使用

library(ggtree)
library(ggtext)
tree<-read.tree(text="(A,(B,C));")
labs=c("paste(italic('A'),'CBS')","B","C")
tree$tip.label<-labs
ggtree(tree)+ geom_tiplab(align=T,parse=T)   

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