在Google Colab中安装RDKit

debugcn 发表于 Dev

奥尔德森

我不知道如何解决以下问题。直到今天，我仍在使用以下代码段在Google Colab中安装RDKit：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

但是，今天我开始出现以下错误：

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-d24c24e2d1f9> in <module>()
----> 1 from rdkit import Chem
      2 import networkx as nx

ModuleNotFoundError: No module named 'rdkit'

我尝试使用完整的Anaconda发行版代替Miniconda，并将python版本更改为3.6和3.8，但似乎没有任何效果。

奥利弗·斯科特（Oliver Scott）

我认为您在安装Miniconda时需要指定python 3.7（当前的rdkit版本支持python 3.7），最新的Miniconda版本为py3.8：

!wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh
!time bash ./Miniconda3-py37_4.8.3-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!time conda install -q -y -c conda-forge rdkit

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/')

https://colab.research.google.com/drive/1MAZyv3O4-TrI8c1MD4JVmwExDquaprRT?usp=sharing

本文收集自互联网，转载请注明来源。

如有侵权，请联系[email protected] 删除。