snakemake在SGE上使用多个通配符提交作业的问题

debugcn 发表于 Dev

卡米尔·加隆（Kamil S Jaron）

之前，我在LSF集群上使用了snakemake，一切正常。但是，最近我迁移到SGE群集，当我尝试使用多个通配符运行作业时，遇到一个非常奇怪的错误。

当我尝试根据此规则提交工作时

rule download_reads :
    threads : 1
    output : "data/{sp}/raw_reads/{accesion}_1.fastq.gz"
    shell : "scripts/download_reads.sh {wildcards.sp} {wildcards.accesion} data/{wildcards.sp}/raw_reads/{wildcards.accesion}"

我收到以下错误（snakemake_clust.sh详情如下）

./snakemake_clust.sh data/Ecol1/raw_reads/SRA123456_1.fastq.gz                                          
Building DAG of jobs...
Using shell: /bin/bash
Provided cluster nodes: 10
Job counts:
        count   jobs
        1       download_reads
        1

[Thu Jul 30 12:08:57 2020]
rule download_reads:
    output: data/Ecol1/raw_reads/SRA123456_1.fastq.gz
    jobid: 0
    wildcards: sp=Ecol1, accesion=SRA123456

scripts/download_reads.sh Ecol1 SRA123456 data/Ecol1/raw_reads/SRA123456
Unable to run job: ERROR! two files are specified for the same host
ERROR! two files are specified for the same host
Exiting.
Error submitting jobscript (exit code 1):

Shutting down, this might take some time.

当我用sp常量替换通配符时，它可以按预期工作：

rule download_reads :
        threads : 1
        output : "data/Ecol1/raw_reads/{accesion}_1.fastq.gz"
        shell : "scripts/download_reads.sh Ecol1 {wildcards.accesion} data/Ecol1/raw_reads/{wildcards.accesion}"

即我明白

Submitted job 1 with external jobid 'Your job 50731 ("download_reads") has been submitted'.

我不知道为什么会有这个问题，我确定我之前在基于LSF的群集上使用了完全相同的规则，没有任何问题。

一些细节

snakemake提交脚本如下所示

#!/usr/bin/env bash                                                                                                                                                                
                                                                                                                                                                                   
mkdir -p logs                                                                                                                                                                      
                                                                                                                                                                                   
snakemake $@ -p --jobs 10 --latency-wait 120 --cluster "qsub \                                                                                                                     
    -N {rule} \                                                                                                                                                                    
    -pe smp64 \                                                                                                                                                                    
    {threads} \                                                                                                                                                                    
    -cwd \                                                                                                                                                                         
    -b y \                                                                                                                                                                         
    -o \"logs/{rule}.{wildcards}.out\" \                                                                                                                                           
    -e \"logs/{rule}.{wildcards}.err\""

-b y使命令按原样执行，-cwd将计算节点上的工作目录更改为提交作业的工作目录。我希望其他标志/规格清楚。

另外，我知道--drmaa标志，但是我认为群集配置不正确。--cluster到现在为止是一个更强大的解决方案。

-编辑1-

当我在本地执行完全相同的snakefile（在fronend上，不带--cluster标志）时，脚本将按预期执行。这似乎是snakemake和调度程序交互的问题。

达里奥伯

-o \"logs/{rule}.{wildcards}.out\" \                                                                                                                                           
-e \"logs/{rule}.{wildcards}.err\""

这是一个随机的猜测...在将多个通配符替换成之前，它们是由空格连接的logs/{rule}.{wildcards}.err。因此，尽管您使用双引号，但SGE会将结果字符串视为两个文件，并引发错误。如果改为使用单引号怎么办？喜欢：

-o 'logs/{rule}.{wildcards}.out' \                                                                                                                                           
-e 'logs/{rule}.{wildcards}.err'

或者，您可以在规则中连接通配符，然后在命令行上使用结果。例如：

rule one:
    params:
        wc= lambda wc: '_'.join(wc)
    output: ...

然后使用：

-o 'logs/{rule}.{params.wc}.out' \                                                                                                                                           
-e 'logs/{rule}.{params.wc}.err'

（第二个解决方案，如果可行，虽然有点烂）

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