我想使用snakemake运行第一个规则的一个实例，该实例接受一个输入文件并创建多个输出文件。然后，我想将每个输出文件作为第二条规则的输入。我只想运行第一个规则的一个实例，以避免不必要地重复此规则，因为只需要一个就可以创建输出。
这是一个过于简化的示例：
假设我有一个包含以下内容的输入文件samplenames.txt：
sample1
sample2
我想从该文件中获取文件名，并为每个文件创建一个具有相同名称的文件。然后，我想使用以下最终输出文件制作每个副本：
sample1_copy
sample2_copy
我的Snakefile包含以下内容：
SAMPLES = [1,2]
rule all:
input:
expand(
"sample{sample}_copy",
sample=SAMPLES
)
rule fetch_filenames:
input:
"samplenames.txt"
output:
"sample{sample}"
shell:
"while IFS= read -r line; do touch $line; done < {input}"
rule copy_files:
input:
expand(
"sample{sample}",
sample=SAMPLES
)
output:
expand(
"sample{sample}_copy",
sample=SAMPLES
)
shell:
"touch {output}"
这项工作可以完成，但是仅需要一个规则时，就可以完成第一个规则的两个实例。当我在更复杂的工作流程中将其应用于更多文件时，会导致许多不必要的实例。有一种只运行第一个规则的实例的运行方式吗？
我为第一条规则尝试了以下方法：
rule fetch_filenames:
input:
"samplenames.txt"
output:
"sample1"
shell:
"while IFS= read -r line; do touch $line; done < {input}"
但是，这将导致以下错误：“缺少规则copy_files的输入文件：sample2”
我很伤心。任何帮助都会使我高兴。
如果要fetch_filenames一次执行生成所有输出文件，则应在output指令中列出所有必需的输出文件。例如：
rule fetch_filenames:
input:
"samplenames.txt"
output:
expand("sample{sample}", sample= SAMPLES),
shell:
...
相反，如果要copy_files对每个输入/输出对执行一次，则删除扩展功能：
rule copy_files:
input:
"sample{sample}",
output:
"sample{sample}_copy",
shell:
...
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