使用sed命令删除特定行中的所有数字

鲍勃

这可能存在于其他地方,但我找不到它。我的目标是从爆炸搜索中删除多余的数字,以提取序列数据,同时保留数字序列ID。例如

原始:

>k141_100041 flag=0 multi=242.9841 len=43238
Sbjct  16375  MSEELTQNSGSNYSASSIQVLEGLEAVRKRPAMYIGDISEKGLHHLVYEVVDNSIDEALA  16196
Sbjct  16195  GYCTHIEVTINEDNSITVQDNGRGIPVDFHEKEKKSALEVVMTVLHAGGKFDKGSYKVSG  16016
Sbjct  16015  GLHGVGVSCVNALSTHMTTNVFRNGKIYQQEYECGKPLYAVKEVGTTDITGTRQTFWPDG  15836
Sbjct  15835  SIFTVTEYKYSILQARMRELAYLNKGITITLTDKRVKEEDGSYKQEKFHSEEGVKEFVRF  15656
Sbjct  15655  LNSNNTPLIDDVIYLNTEKQGIPIECAIMYNTGFRENLHSYVNNINTIEGGTHEAGFRMA  15476
Sbjct  15475  LTRVLKKYAEESKALEKAKVEISGEDFREGLIAVISVKVSEPQFEGQTKTKLGNNEVSGA  15296
Sbjct  15295  VNQAVGEALTYYLEEHPKEAKIIVDKVVLAATARVAARKARESVQRKSPMGGGGLPGKLA  15116
Sbjct  15115  DCSSRVAEECELFLVEGDSAGGSAKQGRSRQFQAILPLRGKILNVEKAMWHKAFESDDVN  14936
Sbjct  14935  NIIQALGVRFGVDGEEDSKKANIDKLRYHKVIIMTDADVDGSHIDTLIMTLFYRYMPEVI  14756
Sbjct  14755  QGGHLYIATPPLYKCSKGKISEYCYTDEARQAFIQKYGEGNEQGIHTQRYKGLGEMNPEQ  14576
Sbjct  14575  LWETTMNPETRILKQVNIENAAEADYIFSMLMGDDVGPRREFIEKNATYANIDA  14414

目标:

>k141_112817 flag=0 multi=66.5284 len=335023
MSEELTQNSGSNYSASSIQVLEGLEAVRKRPAMYIGDISEKGLHHLVYEVVDNSIDEALA
GYCTHIEVTINEDNSITVQDNGRGIPVDFHEKEKKSALEVVMTVLHAGGKFDKGSYKVSG
GLHGVGVSCVNALSTHMTTNVFRNGKIYQQEYECGKPLYAVKEVGTTDITGTRQTFWPDG
SIFTVTEYKYSILQARMRELAYLNKGITITLTDKRVKEEDGSYKQEKFHSEEGVKEFVRF
LNSNNTPLIDDVIYLNTEKQGIPIECAIMYNTGFRENLHSYVNNINTIEGGTHEAGFRMA
LTRVLKKYAEESKALEKAKVEISGEDFREGLIAVISVKVSEPQFEGQTKTKLGNNEVSGA
VNQAVGEALTYYLEEHPKEAKIIVDKVVLAATARVAARKARESVQRKSPMGGGGLPGKLA
DCSSRVAEECELFLVEGDSAGGSAKQGRSRQFQAILPLRGKILNVEKAMWHKAFESDDVN
NIIQALGVRFGVDGEEDSKKANIDKLRYHKVIIMTDADVDGSHIDTLIMTLFYRYMPEVI
QGGHLYIATPPLYKCSKGKISEYCYTDEARQAFIQKYGEGNEQGIHTQRYKGLGEMNPEQ
LWETTMNPETRILKQVNIENAAEADYIFSMLMGDDVGPRREFIEKNATYANIDA

我可以使用sed命令轻松删除'Sbjct'行和数字,但是我不知道如何从sed命令中免除id行(k141_112817 ...)。任何帮助都将被申请。

威廉·珀塞尔

我认为这sed是错误的工具,因为您似乎想要:

awk '/^Sbjct/{$0 = $3}1' input-file

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