Rmarkdown中的插入符doparallel：使用render（）时缺少详细信息

debugcn 发表于 Dev

威特314

我有以下简单的示例Rmarkdown文档（test.Rmd）：

---
title: "Test Knit Caret Paralell VerboseIter"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

require(caret)
require(doParallel)


```

## data

```{r data}

set.seed(998)
training <- twoClassSim()

```

## model

```{r fitmodel}
fitControl <- trainControl(
  method = "repeatedcv",
  number = 3,
  repeats = 2,
  verboseIter = T)


ncores <- detectCores()-1

cl <<- makePSOCKcluster(ncores, verbose = TRUE, outfile = "")
registerDoParallel(cl)

set.seed(825)
Fit <- train(Class ~ ., 
             data = training, 
             method = "nnet", 
             trControl = fitControl,
             trace = FALSE
)
stopCluster(cl)
registerDoSEQ()
```

## results

```{r results}
Fit
```

我有几种选择来运行此代码或编织文档

在Rstudio中使用“运行所有块”
KnitRstudio中的使用按钮
Knit 与文件 render("test.Rmd")

发生以下情况

迭代时不会在输出或控制台中打印任何信息
信息将显示在R markdown面板中
控制台中未打印任何信息

在我正在处理的项目中，我希望knit文档具有不同的参数，因此我想使用最后一个选项。但是我也想看看模型拟合的进展。因此，我想使用选项3。

呈现文档时，如何获取打印在控制台中的迭代信息？

这是我想看到的预期输出：

+ Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=5, decay=0e+00 
+ Fold1.Rep1: size=5, decay=1e-01 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-01 
+ Fold1.Rep1: size=3, decay=1e-04 
- Fold1.Rep1: size=1, decay=1e-04 
etc.

马特

这可能会产生您想要的结果，从这里改编，当您使用中的knit按钮时，它实际上会复制rstudio，从而产生详细的信息train，但是使用此方法，您应该可以传递parameters给render。只需wd将rmd文件的路径更改为

owd = setwd("path/to/your-Rmd-directory")
system2("Rscript", c("-e", shQuote("library(rmarkdown); render('test.Rmd')"),
            system2("html", "test.html"),
            setwd(owd)))

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